1.5 FASTA vs GenBank
Kirish
Ushbu videoda biz FASTA formati va GenBank formatini va ular orasidagi ba’zi asosiy farqlarni muhokama qilamiz. Ushbu videoda FASTA formati bioinformatikada ketma-ketlik ma’lumotlarini saqlash uchun qanday ishlatilishini va GenBank formati GenBank ma’lumotlar bazasida LOCUS, ACCESSION, DEFINITION, ORGANISM va boshqa har xil turdagi ma’lumotlarni taqdim etish shakli ekanligini ko’rsatadi. Agar sizga faqat ketma-ketlik kerak bo’lsa, u faqat nukleotidlar yoki aminokislotalar ketma-ketligiga ega bo’lgan FASTA faylini yuklab olishi kerak, ammo DNK ketma-ketligi haqida to’liq ma’lumot kerak bo’lsa, u faqat GenBank tomonidan taqdim etiladi.
FASTA formatga kirish:
FASTA formati nukleotid ketma-ketligini yoki peptid ketma-ketligini ifodalash uchun matnga asoslangan format bo’lib, unda asos juftlari yoki aminokislotalar bir harfli kodlar yordamida ifodalanadi. FASTA formatidagi ketma-ketlik bir qatorli tavsifdan boshlanadi, keyin ketma-ketlik ma’lumotlarining qatorlari keladi. U har doim “>”kattaroq belgi bilan boshlanadi. Ta’rif qatori ketma-ketlik ma’lumotlaridan birinchi ustundagi “>” kattaroq belgi bilan ajralib turadi.
FASTA faylini yaratish uchun QADAMLAR:
- LCT-ning GenBank sahifasidan FASTA-ni bosing.
- LCT genining nukleotidlar ketma-ketligini ko’rsatadi.
- “Yuborish” tugmasini bosing va “FASTA” formatini tanlang va “fayl yaratish” tugmasini bosing.
- LCT genining nukleotidlar ketma-ketligini oladi.
- Yuklab olingan kengaytmasi va tuzilishini ko‘rish uchun uni atom yoki boshqa matn muxarririda oching.
Atomni o’rnatish
- Atom Windows oʻrnatuvchilari bilan mavjud boʻlib, ularni https://atom.io yoki Atom nashrlari sahifasidan yuklab olish mumkin.
- 32 bitli tizimlar uchun AtomSetup.exe va 64 bitli tizimlar uchun AtomSetup-x64.exe dan foydalaning.
- Ushbu sozlash dasturi Atom-ni o’rnatadi, atom va apm buyruqlarini PATH-ga qo’shadi va ish stolida va ishga tushirish menyusida yorliqlar yaratadi.
FASTA formatini qanday qilish kerak?
- Nukleotid yoki aminokislotalar ketma-ketligini olish/nusxalash.
- Ochiq atom.
- Yangi fayl yarating.
- Kattaroq belgini “>” qo‘ying va ulanish raqamini yozing va tavsifni yozing.
- Ikkinchi qatordan ketma-ketlikni joylashtiring.
- Uni .fasta kengaytmasi bilan saqlang.
GenBank
GenBank ma’lumotlar bazasi, NCBIning quyi ma’lumotlar bazasi, ilmiy hamjamiyat ichida eng so’nggi va keng qamrovli DNK ketma-ketligi ma’lumotlariga kirishni ta’minlash va rag’batlantirish uchun mo’ljallangan.
GenBank formati DNK va oqsillar ketma-ketligi ma’lumotlarini saqlaydigan GenBank ma’lumotlar bazasida ma’lumotlarni taqdim etish usulidir. GenBank formati turli ma’lumotlarni ko’rsatadi, masalan, LOCUS, SOURCE, REFERENCE, PROTEIN, CDS, PROTEIN va ORIGIN.
GenBank faylini yuklab olish
- LCT genining GenBank sahifasini oching.
- “Yuborish” tugmasini bosing va “fayl” sifatida maqsadni tanlang va “GenBank” formatini tanlang va “fayl yaratish” tugmasini bosing.
- GenBank faylini yuklab oladi.
- Uni atomda oching.
- GenBank faylini tahlil qiling.
Xulosa
Ushbu videoda biz FASTA formati va GenBank formati o’rtasidagi farqlarni muhokama qildik. Asosan biz ularning tuzilmalari, taqdim etadigan ma’lumotlar va FASTA faylini qanday yaratish haqida gaplashdik. Unda GenBank ma’lumotlar bazasi haqida ham gaplashdik.
Vazifa
FASTA va GenBank Format o’rtasidagi asosiy farqlar qanday?