1.4 GenBank: NCBI bo’yicha nukleotidlar ma’lumotlar bazasi
Kirish
GenBank:
GenBank ® NIH genetik ketma-ketlik ma’lumotlar bazasi bo’lib, barcha ommaviy DNK ketma-ketliklarining izohli to’plamidir. GenBank xalqaro nukleotidlar ketma-ketligi ma’lumotlar bazasi hamkorlikning bir qismi bo’lib, u Yaponiyaning DNK ma’lumotlar banki (DDBJ), Evropa nukleotidlar arxivi (ENA) va NCBIdagi GenBankni o’z ichiga oladi. Ushbu uchta tashkilot har kuni ma’lumot almashadi.
GenBank ma’lumotlar bazasi, NCBIning quyi ma’lumotlar bazasi, ilmiy hamjamiyat ichida eng so’nggi va keng qamrovli DNK ketma-ketligi ma’lumotlariga kirishni ta’minlash va rag’batlantirish uchun mo’ljallangan. Bu turli olimlar tomonidan taqdim etilgan barcha ketma-ketliklarni ko’rsatadi. GenBank NCBI-dagi barcha ketma-ketlik ma’lumotlar bazalariga mezbonlik qiladi.
GenBank formati DNK va oqsillar ketma-ketligi ma’lumotlarini saqlaydigan GenBank ma’lumotlar bazasida ma’lumotlarni taqdim etish usulidir. GenBank formati turli ma’lumotlarni ko’rsatadi, masalan, LOCUS, SOURCE, REFERENCE, PROTEIN, CDS, PROTEIN va ORIGIN.
Qadamlar
- Ma’lumotlar bazasi ro’yxatidan nukleotidlar ma’lumotlar bazasini tanlang va LCT so’rov maydonini kiriting va “qidiruv” tugmasini bosing. Nukleotidlar bazasi GenBankning quyi ma’lumotlar bazasi hisoblanadi.
- U eng ehtimoliy qidiruv qiziqishini va jami 7865 ta havolalar ketma-ketligini ko’rsatadi, ulardan 5739 tasi GenBank va 2094 tasi RefSeq dan iborat.
- “Homo sapiens LCT (LCT) geni, intron 1, ekson 2 va qisman CD” giperhavolasini bosing.
- U GenBank formatida ushbu genning GenBank sahifasini ochadi.
- Ketma-ket tahlilini bajaring va ketma-ketlikni FASTA formatida oling.
- Ma’lumotlarni olish uchun ftp havolalaridan biri.
Xulosa
Ushbu videoda biz GenBank ma’lumotlar bazasi va uning pastki ma’lumotlar bazasi Nukleotid haqida gaplashdik. Biz GenBank ma’lumotlar bazasi va RefSeq ma’lumotlar bazasi o’rtasidagi farqni tushuntirdik. Biz GenBank formatini va ma’lumotlarni olish uchun ftp havolalarini ham muhokama qildik
Vazifa
GenBank ma’lumotlar bazasi NCBI-dagi barcha ketma-ketlik ma’lumotlar bazalarini o’z ichiga oladi. Shunday qilib, NCBIga boring va GenBank formatida BRCA2 nukleotidlar ketma-ketligini qidiring va uni tahlil qiling.