1.6 Gen ma’lumotlar bazasi: keng qamrovli gen ma’lumotlar bazasi
Kirish
NCBI ning Gen ma’lumotlar bazasi ketma-ketlik, xaritalash, nashrlar, mahsulotlar funktsiyasi, ifoda, evolyutsiya va o’zgaruvchanlik oqibatlarini o’z ichiga olgan bir nechta nuqtai nazardan genga xos ma’lumotlarni jamlash uchun mo’ljallangan. Gen ushbu ma’lumotlarni turli stsenariylar uchun, ya’ni Internetda vaqti-vaqti bilan interaktiv kirishdan tortib, tanlangan yoki to’liq ma’lumotlar to’plamlariga hisoblash orqali kirish imkonini beradi.
Qadamlar
- NCBI ma’lumotlar bazasidan Gen pastki ma’lumotlar bazasini tanlang.
- Homo sapiens genlari maʼlumotlar toʻplamida genni qidirishni belgilash uchun soʻrov maydoniga Gen nomini kiriting, LCT mantiqiy operatori bilan VA.
- Qidiruv tugmasini bosing, u eng ko’p taxminni ko’rsatadi va undan pastda u Homo sapiensdagi LCT genining qidiruv natijalarini ko’rsatadi.
- U turli xil ma’lumotlarni ko’rsatadi, masalan, Gen nomi/ID, Tavsif, Joylashuv, taxalluslar va genlarning MIM kirish raqamlari.
- Gen nomidan LCT giperhavolasini bosing.
- LCT ning Gen sahifasiga o’tadi.
- U LCT genining xulosasini ko’rsatadi, masalan, uning rasmiy belgisi, asosiy manbasi, rasmiy nomi, gen turi, ifodasi, nasl-nasabi, ortologi, xulosasi, gen turi va boshqa ma’lumotlar bazalariga havolalar.
- Genom konteksti bo’limida genning xromosomadagi joylashuvi, uning izohli chiqishi, yig’ilishi va genning grafik tasviri ko’rsatilgan.
- Genomik hududlar, transkriptlar va mahsulotlar bo’limlari ketma-ketlikning o’lchami, joylashuvi va yo’nalishini eslatib o’tadi. Shuningdek, u transkriptlari va izoformalarining kirish raqamlarini beradi. Qo’shilish raqamining boshidagi XM bu mRNK qo’shilish raqami ekanligini va qo’shilish raqamining boshida XP bu proteinga kirish raqami ekanligini belgilaydi. Shuningdek, u SNP mavjudligini ham aytadi. Shuningdek, u yig’ilgan RNK ifodasi ma’lumotlarini ko’rsatadi.
- Ekspressiya bo’limi loyiha tafsilotlari va ma’lum organlarda gen ifodasining grafik ma’lumotlari bilan RNKning to’qimalarni ifodalash ma’lumotlarini belgilaydi.
- Keyin u Bibliografiya ma’lumotlarini, turli sharoitlarda fenotiplar ma’lumotlarini, Variatsiyalar haqida ma’lumotni, yo’llar va PubChemni, ushbu gen mahsulotining o’zaro ta’siri haqida ma’lumotni, gen ontologiyasi ma’lumotlarini ta’minlaydigan umumiy gen ma’lumotlarini, homologiya ma’lumotlarini va markerlar ma’lumotlarini taqdim etadi.
- Protein haqida umumiy ma’lumot bo’limida XP raqamlari, EC raqamlari va uning nomlari mavjud.
- NCBI Reference Sequence bo’limi genomik hududlar haqida ma’lumot, mRNK va oqsillarning yangilangan ulanishlari, saqlangan domen ma’lumotlari va xulosalarini taqdim etadi.
- Keyin GRCh38 moslamasi genomik, mRNK va oqsil kontekstlarini aniqlash uchun ishlatiladi va oxirida u tegishli ketma-ketliklarni taqdim etadi.
Eslatma:
Genni uning Gen ID orqali izlash mumkin. Har bir gen o’ziga xos va noyob GENE ID-ga ega.
Xulosa
Ushbu videoda biz Gen ma’lumotlar bazasidan foydalanishni tasvirlab berdik. Biz LCT genida to’liq gen tahlilini o’tkazdik. Biz ushbu genning joylashuvi, ifodasi, SNPlari va funktsional ma’lumotlarini topdik.
Vazifa
NCBI ning Gen ma’lumotlar bazasi qanday maqsadda ishlab chiqilgan va berilgan GeneID: 15194 orqali huntington genini tahlil qiling.