1.2 NCBI bo’yicha ketma-ketlikni tahlil qilish
Kirish
Ushbu videoda biz NCBI da LCT genini ketma-ket tahlil qilamiz. NCBI ning GenBank sub-ma’lumotlar bazasi bizni qiziqtirgan ma’lum bir genni izlash va ketma-ketlik uchun GenBank formatida va FASTA formatida unga bog’langan ma’lumotlar to’plamini taqdim etish imkonini beradi.
Qadamlar va tahlil hisoboti:
- LCT kalit so‘zini so‘rovlar maydoniga kiriting va qidiruv tugmasini bosing.
- NCBI natijalari sahifasida LCT-Lactase of Homo sapiens giperhavolasini bosing.
- GenBank sahifasini ochadi.
- Avval u sarlavha sifatida gen nomini ko’rsatadi va undan pastroqda uning versiyasi bilan NCBI mos yozuvlar ketma-ketligi ma’lumotlar bazasiga kirish raqamini beradi.
- LCT geni haqida asosiy ma’lumot LOCUS bo’lib, genning NCBIga kirishi, umumiy tayanch juft molekula turi, ya’ni mRNK va uning so’nggi yangilanishi/versiyasidir.
- Keyin u gen va molekula turining nomi bo’lgan TA’RIFNI, so’ngra ketma-ketlikdagi umumiy o’zgarishlar yoki yangilanishlarni bildiruvchi VERSION ni aytadi. Keyin u KEYWORDSni aytadi.
- Shundan so’ng u ketma-ketlik MANBAsini, ya’ni Homo sapiensni aytadi, so’ngra umumiy tayanch juftliklari bilan REFERNCE ni aytadi.
- Keyin u mualliflar haqidagi ma’lumotlarni va variant aniqlangan maqolaning nomini ko’rsatadi.
- Agar sahifaning XUSUSIYATLAR qismiga oʻtadigan boʻlsak, unda umumiy tayanch juftliklar, organizm, molekula turi, takson soni, xromosoma soni va uning xromosomadagi oʻrni haqida maʼlumot beruvchi SOURCE boʻlimi mavjud.
- XUSUSIYATLAR gen bo’limidan uning sinonimlari va turli manbalarga havola identifikatorlarining umumiy tayanch juftlarini ayting.
- XUSUSIYATLAR dagi ekson bo‘limi gendagi ekson o‘rnini, boshqa funksiya ketma-ketlikda to‘xtash kodonining mavjudligini, CDS bo‘limi esa DNK kodlash o‘rnini bildiradi. Shuningdek, u EC raqamlarini, ya’ni ferment komissiyasi raqamini, uning mahsulotini, oqsil identifikatorini va boshqa ma’lumotlar bazasiga havolalarni va nihoyat CDS ning aminokislotalar ketma-ketligini beradi.
- Shuningdek, u ketma-ketlikda signal peptidining bashorat qilingan holatini aytib beradi, undan pastda u gendagi turli ekson hududlarini ko’rsatadi va hisobot oxirida u to’liq mRNK ketma-ketligini beradi.
Xulosa
Ushbu videoda biz Homo sapiens LCT genining mRNK ketma-ketligi bo’yicha ketma-ketlik tahlilini o’tkazdik va u bilan bog’liq turli xil ma’lumotlarni oldik. Biz uning umumiy tayanch juftlarini, turli ma’lumotlar bazalariga turli havolalarni, EK raqamlarini, ekzonlarni, ferment mahsulotini, signal peptidining taxminiy holatini, kodon mavjudligini to’xtatishni, aminokislotalar ketma-ketligini va uning to’liq mRNK ketma-ketligini aniqladik.
Vazifa NCBI da HTT genining ketma-ket tahlilini o’tkazing va unga bog’langan ma’lumotlar to’plamini taqdim eting.
Manba linki